绩效考核扣工资，如果符合公司依法制定的规章制度，是合法的，但是恶意拖欠克扣绩效或者工资是不合法的。用人单位代扣劳动者工资只发生在以下情形：代扣代缴个人所得税；代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院要求代扣的抚养费、赡养费；其他费用。绩效考核扣工资合法吗的法律依据
《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。