补充协议与原合同不同的，应当以补充协议为准。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行，所以以补充合同的为准。因为一般来说，后面的约定和前面的约定不同视为协商一致变更合同。补充协议与原合同不同怎么办的法律依据
《民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。