立案追诉销毁会计凭证罪的标准是：故意销毁的会计凭证涉及金额在五十万元以上的；或者依法应当向司法机关、行政机关、有关主管部门等提供而故意销毁会计凭证的，应当立案追诉。销毁会计凭证罪立案标准的法律依据
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第八条隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计账簿、财务会计报告，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（一）隐匿、故意销毁的会计凭证、会计账簿、财务会计报告涉及金额在五十万元以上的；（二）依法应当向司法机关、行政机关、有关主管部门等提供而隐匿、故意销毁或者拒不交出会计凭证、会计账簿、财务会计报告的；（三）其他情节严重的情形。