如果员工获得的经济补偿金达到一定的数额标准的，要扣个税。法律规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。超过该范围的，则需要缴税。因此需要看是否超过了三倍。员工获得的经济补偿金要扣个税吗的法律依据
《关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》第五条个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。