处理医疗纠纷的方式有：双方自愿协商；申请人民调解；申请行政调解；向人民法院提起诉讼等法律、法规规定的其他途径。协商确定赔付金额应当以事实为依据，防止畸高或者畸低。如何处理医疗纠纷的法律依据
《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条
发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
（一）双方自愿协商；
（二）申请人民调解；
（三）申请行政调解；
（四）向人民法院提起诉讼；
（五）法律、法规规定的其他途径。
第二十三条
发生医疗纠纷，医疗机构应当告知患者或者其近亲属下列事项：
（一）解决医疗纠纷的合法途径；
（二）有关病历资料、现场实物封存和启封的规定；
（三）有关病历资料查阅、复制的规定。
患者死亡的，还应当告知其近亲属有关尸检的规定。