1、在收获组织及细胞死亡之后，应立即灭活内源的rna酶，以防止rna降解。以下3个方法均可有效使内源rna酶失活：
1）用含离液（如胍盐）的细胞裂解液收获样品，并立即匀浆。
2）用液氮瞬间冻结样品。值得特别注意的是：组织块必须保证足够小，在浸入液氮的瞬间就能冻结，以确保瞬间令rna酶失活
3）立即将样品置于rnalater? tissue collection: rna stabilization solution中。它是一种水相、无毒的收集试剂，能立即稳定并保护完整、未冻结的组织和细胞样品中的rna。关键要点是组织样品切片一定要够薄（<0.5 cm），这样rnalater才能在rnase破坏rna之前迅速渗入组织块中。
2、使用正确的细胞或组织储存条件
在样品用液氮瞬间冻结之后，应该储存在-80°c，千万不能解冻。即使是置于含有胍盐的裂解液中作匀浆前的短暂解冻，也会导致rna的降解和损失。瞬间冻结的组织应该首先在超低温条件下先研磨成粉，然后置于裂解液中进行匀浆。
rnalater使样品储存更为便利。储存在rnalater中的细胞或组织可在室温下稳定保存长达1个星期，在4°c可稳定保存长达1个月，或永jiu保存在-20°c。有关rnalater的更多信息请参考.
3、彻di匀浆样品
细胞或组织的彻di匀浆对rna提取来说，是一个很关键的步骤，它能够防止rna的损失和降解。匀浆的方法应根据细胞或组织的类型来选择。大部分培养的细胞可以置于细胞裂解液中，通过简单的涡旋震荡来匀浆；而动物组织、植物组织、酵母和细菌则常常需要更加剧烈的方法。比如说细菌的细胞壁，就需要酶消化来实现彻di的细胞裂解和rna的最大回收。有关各种不同的样本类型，哪些方法是最适he的匀浆方法，请参考.
4、在rna提取之前预处理样品裂解液
对于某些样品来说，在匀浆之后，rna提取之前，还需要一些额外的处理步骤。对于脂肪含量高的组织，像脑组织和脂肪组织得到的裂解液，就需要通过氯仿抽提来去除脂类，从而提高rna产量。许多植物组织中富含多酚和多糖，会降低rna的质量和产量，用plant rna isolation aid预处理裂解液可去除这些难以处理的成分。
5、选择最好derna分离方法
现有众多的rna分离方法也许令人难以取舍。目前zui简单也是zui安全的方法是柱式分离，如rnaqueous? 或rnaqueous-4pcr kit。因为操作简单，所以这些步骤特别适用于同时处理多个样品。如果是处理复杂的组织，如富含核酸酶（胰腺）或脂肪（脑和脂肪组织）的样品，就推荐使用更加严格的、基于酚处理的rna分离方法，如totally rna?。更多的信息请参考。更多方法选择，请参考
6、dnase处理
如果提取的rna将用于rt-pcr，我们推荐用dnase处理纯化的rna样品以去除残留的dna污染。当样品来源于富含dna的组织，如脾脏时，dnase处理也是一个好办法 。rnaqueous-4pcr kit的实验流程中包含了dnase处理的步骤，并提供了必需的试剂（dna酶i）。dna-free? dnase treatment & removal reagents则可用于去除用各种方法制备的rna样品中的dna污染。这两个产品都提供了高质量的dnase i，优化的反应缓冲液，和dna酶消化处理后简单快速去除dnase的方法，无需使用有机溶剂和热处理。
7、减少环境rnase的暴露
为了得到完整的、高品质rna，在整个rna制备过程中，当rna离开强蛋白变性剂（如离液裂解液或酚）的保护时，避免引入新的rnase污染就非常关键。由于rnase几乎是无所bu在，所以必须确保与纯化的rna接触的每一样东西都是无rnase污染的。所有的表面，包括移液器、工作台、玻璃器皿和制胶设备，都必须用表面去污净化溶液如rnasezap? 或rnasezap wipes来处理过。必须保证一直使用无rnase的枪头、试管和溶液，手套也应经常更换。
8、正确的沉淀
纯化得到的rna可能需要通过沉淀来浓缩，以满足一些下游应用的需要。醋酸铵(nh4oac) 沉淀（加0.1体积的5 m醋酸铵、2-2.5体积的无水乙醇，-20°c放置25分钟以上）可以很好地回收rna。如果需要定量回收低浓度的rna（ng/ml），可以采用共沉淀（如糖原glycogen,、酵母yeast rna或linear acrylamide）的方法。当rna用于rt-pcr分析时，线性的丙烯酰胺和dnase处理的糖原都可以作为理想的共沉淀剂，因为它们都不含dna污染。酵母rna和未处理的糖原会给样品带来核酸污染，有可能影响rt-pcr的结果。沉淀后，注意避免rna沉淀过分干燥，因为这可能导致很难重新溶解。
9、重悬
许多rna提取步骤的最后一步是溶解纯化的rna沉淀。理想的重悬溶液应该满足3点要求：无rnase污染、较低的ph值（ph 6-7）、含有螯合剂，以保护rna不受带入的rnase的降解。（the rna storage solution能满足以上所有标准。）为了帮助溶解，rna沉淀可置于重悬溶液中在65°c孵育5分钟，并不时轻摇以帮助溶解。
10、储存
如果只是短期储存，重悬的rna应放置于-20°c；如果是长期储存的话，就应该放置于-80°c。尽管重悬于水或缓冲液中的rna也可以储存在-80°c，但保存于醋酸铵/乙醇溶液中的rna沉淀则更加稳定。我们推荐将rna溶液分装在几支管中。这会避免反复冻融损伤rna，并预防偶然的rnase污染。