单细胞分离可以采用特制的毛细管在载玻片的琼脂涂层上选取单孢子并切割下来，然后移到合适的培养基进行培养，分离法对操作技术有比较高的要求，多限于高度专业化的科学研究中采用。
它不仅仅可以用于分离单细胞，还可以用于nl级别试剂的分配和磁珠的分选，对于单细胞测序领域有着很大的帮助。快速高效接种单个活细胞至微孔板细胞分离系统的主要功能为高效柔和地分离或分选活的单细胞，该系统通过微流控技术柔和地形成细胞液滴，同时利用白光和荧光成像实时分析细胞数量和荧光强度。
该系统通过微流控技术柔和地形成细胞液滴，同时利用白光和荧光成像实时分析细胞数量和荧光强度，将符合要求的单细胞液滴准确接种至96孔板或384孔板等微孔板中，分离过程中避免液体剪切力、电压、超声等影响，以维持高细胞活率，减少对细胞的胁迫压力，便于后续培养或分析，主要应用包括细胞株开发、稀有细胞分离、单细胞基因组测序和单细胞rna测序等。
细胞分离可代替传统的有限稀释法，高效地将单个活细胞接种至微孔板中，得益于分离系统的高效率和高活率，可以将每块微孔板中可获得的单克隆细胞团提高至8块，从而在相同的工作量下可筛选更多的细胞克隆，从中发现更多更优质的细胞株。单细胞分离过程中记录的连续5张图像，可以与后续的孔板成像的图像证据互相补充，从而提高单克隆性的可信度。