日本晚樱常见的病害有：根瘤病，炭疽病和叶穿孔病。
根瘤病发病时，植株根部出现瘤状物，形态各异，大小不一，颜色为褐色至深褐色，表皮粗糙常出现龟裂状，发生的部位在地面或靠近地面的根颈部或砧木与接穗结合处。植株受侵害后常表现为生长不良，植株矮小。
防治方法：将受害植株掘起，冲净泥土，将根在1％的硫酸铜溶液中浸泡5～8分钟，浸泡后进行冲洗，然后再栽植；将瘤状物切除，并在伤口涂抹0.1％升汞溶液，再进行栽植。
炭疽病发病初期幼嫩叶上着生有圆形病斑，病斑愈合后可形成穿孔，6月份以后叶片变硬，叶面上病斑粗糙，为褐色不规则状病斑。发病严重时，可引起大量落叶，并引起枯芽。
防治方法：用70％代森锰锌可湿性颗粒1000倍液或50％多菌灵可湿性颗粒500倍液、50％退菌特可湿性颗粒1000倍液交替喷施，连喷3～4次，每次间隔7～10天；发病期禁止对植株进行叶片喷雾。
褐斑穿孔病发病时，叶部初起着生有灰褐色圆形小点，随着病情发展逐渐形成直径3厘米左右圆形斑，病斑边界清晰，外部是紫褐色，中部白褐色，带有轮纹，病斑枯死脱落后形成不规则的穿孔。
防治方法：发病后可喷施50％加瑞农1000倍液进行防治，每10天一次，连续喷3～4次，可有效控制病情。