公司制度扣工资是不合法的，公司制度不能和国家法律相抵触，对于公司制度中违法的条款会被宣布无效。劳动者在遭受用人单位克扣工资后可以到劳动监察部门进行仲裁。
一、公司制度扣工资合法吗
公司制度扣工资不合法，在用人单位扣一个月工资时，劳动者可以解除劳动合同，要求单位支付未发放工资并要求单位支付经济补偿金。依据《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。友情提醒，《劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形的，劳动者可以解除劳动合同：未及时足额支付劳动报酬的。第四十六条：有下列情形的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的。
二、扣工资的比例最高是多少
扣除的工资数额不得超过劳动者工资的20%，并且不得低于当地最低工资标准。只有劳动者因为重大过失或主观故意给用人单位造成直接经济损失的情况下，用人单位可以要求劳动者承担部分或全部损失。在这种情况下，用人单位可以扣减工资，但是扣减工资的比例不能超过月工资的20%，可以逐月扣除。
三、公司扣工资的处理方式
员工可以先和单位进行协商;在协商不成的情况下，可以向当地劳动监察大队进行投诉，由劳动部门进行调节;在调节不成的情况下还可以申请劳动仲裁进行裁决。依据《工资支付暂行条例》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。