冻干机中目前制冷系统常用的制冷剂有r22、r502，而复叠式制冷系统的低温级则采用r13。但在对以上cfc类的工质使用当中，人们逐渐发现，它对臭氧层的破坏极大，严重威胁到了环境。为了保护我们赖以生存的地球，社会达成共识，拟定了的《蒙特利尔议定书》，对现有cfc制冷剂进行替代。
由于综合考虑环境可接受性，安全性，功耗，机器尺寸和系统价格等多方面的因素，当前对于cfc的替代技术研究是一项zui重要也是难度zui大的工作。经过多年的研究，已经相应的生产出了一些比较理想的替代工质。
r22比较成熟的替代工质有：r407c、r410a、r134a、r717a；r502的替代工质有：r404a、r507a，而对于复叠式制冷系统中常用的r13，其替代工质中呼声较高的是r23，目前正在研究的还有r508。另外，r744（co2）也是一种非常理想的低温级制冷剂。
在冻干机生产研发领域有着多年经验的北京博医康，对制冷工质的环保、安全等问题一直非常重视。其明星产品pilot系列冻干机，均采用了*的低温、高能、绿色环保的制冷工质r404或r23，在保证了设备性能的前提下，为客户提供了安全可靠的产品选择。