(1)适宜的ph值：为使厌氧顺利进行，反应器中的ph值必须在6.5～8.2之间。
(2)充足的常规营养：反应器内氮的浓度必须在40～70mg/l范围内才能满足需要，而磷和硫化物维持较低的浓度即可满足需要。甲烷菌对硫化物和磷有专性需要，必须在反应器内保证其含量，有时需要向进水中投加磷肥和硫酸盐。
(3)必要的微量专性营养元素：对甲烷菌有激活作用的专性营养元素有铁、钴、镍、锌、锰、钼、铜甚至硒、硼等很多种，缺少其中一种就可能严重影响整个生物处理过程。
(4)合适的温度：厌氧反应一般在30～37℃的中温条件下运行。
(5)对毒性适应能力：必须完成厌氧微生物对有毒物质适应性的驯化。
(6)充足的代谢时间：要同时保证厌氧生物处理的水力停留时间hrt和固体停留时间srt。
(7)适量的碳源：来自进水中的有机物要满足异养型甲烷菌用于生物合成所需要的碳源，同时反应器内的溶解性c02要满足自养型甲烷菌所需要的碳源。
(8)污染物向微生物的传质良好：厌氧生物反应器内的颗粒污泥在流化状态下传质能力较好，但生物量过多积累或使用厌氧生物膜法时生物膜过厚都可能产生传质问题，要定期排出剩余生物污泥或提高回流比减少部分传质阻力。