驾驶客车，有超载行为的，处罚方式是：1、驾驶营运客车、校车载人超过核定人数20%以上的，一次扣12分；2、驾驶营运客车、校车载人超过核定人数未达20%的，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上的，一次扣6分；3、驾驶营运客车、校车以外的载客汽车载人超过核定人数未达20%的，一次扣三分。客车超载处罚的法律依据
《道路交通安全法》第九十二条公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。