由于目前有关离子色谱仪环境监测技术方法标准相对缺乏，所以，离子色谱仪目前在环境监测中的应用面相对狭窄。在大气环境监测中，离子色谱仪已应用于大气降水以及空气和废气中相关污染物的监测，目前颁布了3个离子色谱法的标准技术方法，即《大气降水中氟、氯、亚硝酸盐、硝酸盐、硫酸盐的测定离子色谱法》、《固定污染源废气硫酸雾的测定离子色谱法(暂行)》和《环境空气和废气氯化氢的测定离子色谱法(暂行)）》。
在水环境监测中，离子色谱仪已应用于地表水、地下水、饮用水、降水、生活污水和工业废水中相关污染物的监测，目前颁布了2个离子色谱法的标准技术方法，即《水质可吸附有机卤素（aox）的测定离子色谱法、《水质无机阴离子的测定离子色谱法》。
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