土地确权登记错误的，应该由权利人持权利证书主动向登记部门申请注销登记。然后登记部门依职权对该登记事项予以纠正，并注销该权利证书。农村集体所有的土地是由当事人申请并由村民小组代表指界并签名盖章后予以确权及登记发证。土地确权登记错误怎么办的法律依据
《民法典》第二百六十一条农民集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有。下列事项应当依照法定程序经本集体成员决定：（一）土地承包方案以及将土地发包给本集体以外的组织或者个人承包；（二）个别土地承包经营权人之间承包地的调整；（三）土地补偿费等费用的使用、分配办法；（四）集体出资的企业的所有权变动等事项；（五）法律规定的其他事项。