合理堆放 花卉种子品种繁多，等级不一，但一般种子数量并不多。在仓库中要放置在距离墙壁约50厘米，离地面有50厘米的架台上，做好标牌，标明其位置、数量、包装等，以防混杂。
适时通风 种子呼吸产生很大热量，适时通风可降温散湿。一般以“晴通雨闭雪不通，滴水成冰可以通，早开晚开午少开，夜有雾气不能开”为原则。通风多采用自然通风，有条件的可用机械通风。
勤于检查 仓库就要及时检查，在种子越夏或越冬后都要对种子的含水量和发芽率进行检查。在仓库不同部位多点设置温、湿度测量计，定人定时测量，做好记录。一定要保持花卉种子贮藏的低温低湿环境，以防种子霉变或发芽率降低。