医疗损害纠纷案件中的诉讼时效根据以下规定进行：请求法律保护民事权利的相关诉讼时效为三年，该期限应当自知道或者应当知道损害结果发生时计算；具有特殊情形的，该期限可以经人民法院批准之后相应进行延长。如何认定医疗损害纠纷案件中的诉讼时效的法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。