1、株选或芽变选种。
2、辐射育种。
3、引种：如近年洛阳、菏泽、上海从甘肃等地引入紫斑牡丹品种50余个，从日本引入国外品种40多个，一般表现尚好。为培育耐湿热新品种，可引用天然授粉种子在当地播种，对实生苗进行进一步的驯化。
4、实生苗选种：在壮龄母株上采取天然授粉所结种子，播种后从实生苗中选出更好的新品种。此方法各地普遍采用。
5、品种杂交：要正确选择亲本，排好杂交组合，人工去雄、授粉、套袋，尽量使父母本优良性状互补。
6、种间杂交：牡丹同属植物还有多种，在育种上还未得到应用。尤其是黄牡丹p.lutea、大花黄牡丹p.luteavar.ludlowii在育种上的应用，有着广阔的前景。
牡丹育种六注意事项
一、选育耐湿热的品种
二、选育开花较早或开花较晚的品种，以延长群体花期。
三、选育单一花色的新品种，特别是各种新奇花色
四、选育能抗病虫、抗污染的新品种。
五、选育丰花性、高杆的新品种，作切花材料。
六、选育丰花性、矮生或中生的新品种，供盆栽园林绿化之用。