1.食品及农产品
由于食品安全问题越来越受到重视，ce用于食品安全和农产品检测的方法逐年增多。食品安全检测中主要包括食品添加剂、食品中某些组分或有害成分的检测。农产品检测包括农药残留物和农产品有效成分检测。
2.环境监测
毛细管电泳法可以对未经前处理的污染水体直接进样，从而快速检测水体中的抗生素、激素或药物以及重金属离子。
3.医学及临床检验
毛细管电泳在医学及临床检验中的应用包括患者的病理检测、疾病诊断、疾病机理分析及体内代谢物分析等。分析对象是体液或组织中的药物、疾病相关标志物和离子等。
4.生物分子
ce检测生物大分子如蛋白质、核酸、糖类等具有优势，同时也广泛用于生物小分子或代谢中间产物的检测。
5.药物及天然产物
ce分析检测药物或天然产物主要包括合成药物、蛋白药物及植物有效成分。