想要办理工程资质证书首先要分别建筑业企业的性质，由国务院住房城乡建设主管部门或者企业工商注册所在地省、自治区、直辖市或设区的市人民政府住房城乡建设主管部门进行许可，提出申请，提交有关申请材料。 工程资质证书怎么办理的法律依据
《建筑业企业资质管理规定》第十二条
申请本规定第九条所列资质的，应当向企业工商注册所在地省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门提出申请。其中，国务院国有资产管理部门直接监管的建筑企业及其下属一层级的企业，可以由国务院国有资产管理部门直接监管的建筑企业向国务院住房城乡建设主管部门提出申请。省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门应当自受理申请之日起20个工作日内初审完毕，并将初审意见和申请材料报国务院住房城乡建设主管部门。