原子荧光光谱仪的应用很广，在农业、天文、汽车、生物、化学、镀膜、色度计量、环境检测、薄膜工业、食品、印刷、造纸、喇曼光谱、半导体工业、成分检测、颜色混合及匹配、生物医学应用、荧光测量、宝石成分检测、氧浓度传感器、真空室镀膜过程监控、薄膜厚度测量、led测量、发射光谱测量、紫外/可见吸收光谱测量、颜色测量等领域都在发挥着巨大的作用。
原子荧光光谱仪目前科研方面用于物质检测等用途，价格数万元，体积大小超过一台台式机。据重大微系统研究中心主任温志渝介绍，将被检测的物质放入该机器，检测速度非常快，只需要几分钟就可以出检测结果。在食品检测方面，如果发现问题食品，现场就能直接进行检测，迅速得出结果，不用再经历抽样、带回检测中心、检测、出结果的漫长过程。
谈及国产光学仪器的发展，仪器的发展是由国家经济、行业需求带动起来的。中国的光学分析仪器现在发展到一定阶段，再想上一个台阶，总感觉积蓄的动力略显不足。
一是原子荧光光谱仪产品的同质化现象严重，仪器刚面世，仿制者就紧随而来，价格打压下，市场被削减，企业连成本都收不回来，再想跟进研发举步维艰。导致zui后产品大同小异，噱头十足，缺乏实质性的技术进步。
二是研发人才的短缺，仪器的研发是一个漫长艰苦的过程，真正能在研发上发力的人员，往往需要在装配车间，研发队伍中沉淀五年以上，才能说参悟出研发的一些门道，因此更需要研发人员的长期坚守。由于横跨了光机电算不同行业，研发团队还得有融洽的研发氛围，才能构成国产仪器诞生的充分必要条件。中国的分析仪器未来要跟上使用者的需求，才是发展的*目标，而非异想天开，脱离实际。