当事人在投资新公司的时候可以通过与合作方制定公司章程的方式防止侵权行为。订立公司章程，在法律规定的范围内，具体约定董事长、监事、法人代表、经理的工作权限和工作方式。在公司的生产经营活动中，双方应依照公司章程的规定，对新公司的经营活动进行监管，规范各种经营活动，发现合法权益被侵犯时应及时依法维权。投资新公司怎样防止合作方侵权的法律依据
《中华人民共和国公司法》第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。第十二条公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。公司的经营范围中属于法律、行政法规规定须经批准的项目，应当依法经过批准。