不定时工作制和综合工时制区别如下：
1.区别一：工作的时间不同。不定时工作制，劳动者每一工作日没有固定的上下班时间限制，何时上班、上班多长时间，没有固定、明确的时间；也许连哪天上班、哪天不上班也无法固定；每周工作可以超过40小时。但是，对于实行不定时工作制的职工，企业应当根据标准工时制度合理确定职工的劳动定额或其他考核标准，保障职工休息权利。
2.区别二：适用人群不同。
3.区别三：加班工资支付不同。不定时工作制的，劳动者每一个工作日没有固定的上下班时间限制。经批准实行不定时工作制的劳动者延长工作时间，不受《劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。
二、不定时工作制加班费怎么计算
1.安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2.休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3.法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、哪些工作实行不定时工作制
以下的工作实行不定时工作制 ：
1.企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工;
2.企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工;
3.其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。