自动套准跟踪系统是印刷套准的“神经中柢”，它把来自跟踪电眼的光信号经电脑分析处理，把处理后的控制指令输送到各印刷色组的套准控制版，使控制指令转换成电信号发送到与之对应的套准马达，进行自动调整套印偏差。在工作中某一环节出现故障，都会使套准马达失控不停转或不工作，未能及时纠正印品偏差，造成套印不准。一般处理办法是逐个环节进行检查，直到找出问题所在，造成自动套准跟踪系统失效，大部分情况是套准控制板自身故障引起，但不排除套印马达自身存在问题。为进一步确定问题是否出在控制板，可用一新控制板，或用别的色组上控制板互换，进行测试即可找出问题所在，如控制板正常，则问题出在套印马达，修理马达即可。
六、传动齿轮与版轴未锁紧，致使印版滚筒发生移位
凹印机各色组都有一套独立的锁定装置，使版轴与传动齿轮相连接，此锁定装置一旦未锁紧，将导致印版滚筒在高速运转时因版轴未锁紧而出现前后移动，造成套印不准。处理方法是检查锁定装置是否损坏，传动齿轮与版轴是否出现滑移，并加以锁固。