（1）污染物浓度较高，化学需氧量（cod）可达每升数万mg;
（2）毒性大，废水中除含有农药和中间体外，还含有酚、砷、汞等有毒物质以及许多生物难以降解的物质；
（3）有恶臭，对人的呼吸道和粘膜有刺激性；
（4）水质、水量不稳定。
因此，农药废水对环境的污染非常严重。农药废水处理的目的是降低农药生产废水中污染物浓度，提高回收利用率，力求达到无害化。农药废水的处理方法有活性炭吸附法、湿式氧化法、溶剂萃取法、蒸馏法和活性污泥法等。
但是，研制、低毒、低残留的新农药，这是农药发展方向。一些已禁止生产六六六等有机氯、有机汞农药，积极研究和使用微生物农药，这是一条从根本上防止农药废水污染环境的新途径。