贪污超过追诉时效的处理：应当不追究其刑事责任，已经追究的，公安机关应当撤销案件，或者人民检察院应当做出不起诉的决定，或者人民法院应当终止审理，或者宣告无罪。贪污超过追诉时效如何处理的法律依据
《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。