分公司可以独立开票。《中华人民共和国公司法》规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
二、分公司可以独立开票吗的法律依据
《中华人民共和国公司法》第十四条规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十七条规定，公司设立分公司的，应当自决定作出之日起30日内向分公司所在地的公司登记机关申请登记；法律、行政法规或者国务院决定规定必须报经有关部门批准的，应当自批准之日起30日内向公司登记机关申请登记。
三、分公司可以用总公司的资质吗
分公司一般可以用总公司的资质，但必须获得总公司的授权许可，但如果该资质是不能转让、借用或让他人挂靠的，则分公司不可以用总公司的资质。
《中华人民共和国公司法》规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。