一、结构不同
内置式水箱自洁消毒器由两部分组成臭氧发生器和混合器组成。
外置式水箱消毒器是一体机，臭氧发生器和混合器都一个设备上。
二、使用方式不同
内置式水箱自洁消毒器将混合器放在水箱底部，臭氧发生器固定在水箱外面接通电源。内置式水箱自洁消毒器的大小受水箱尺寸的影响。内置式水箱自洁消毒器应用也比较灵活方便。例如水箱自洁消毒器的一台臭氧发生器可以佩戴两个或三个混合器，也可以根据水箱的大小更换发生器的大小。外置式水箱消毒器只需要将进出水口管道连接起来打开水箱消毒器的开关即可。这种水箱消毒器主要根据水量的不同配置不同的型号。
三、混合方式不同
内置式水箱自洁消毒器采用由臭氧发生器产生的臭氧输送到混合器中进行气液混合。
外置式水箱消毒器是由臭氧机下面的水泵将水抽过来在射流器内进行气液混合，之后将混合好的臭氧水输送出去。