化学性质木瓜蛋白酶是一种在酸性、中性、碱性环境下均能分解蛋白质的蛋白酶。它的外观为白色至浅黄色的粉末，微有吸湿性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液为无色或淡黄色，有时呈乳白色；几乎不溶于乙醇、氯/仿等有机溶剂。木瓜蛋白酶是一种含巯基(-sh)肽链内切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有较广泛的特异性，对动植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有较强的水解能力，但几乎不能分解蛋白胨。木瓜蛋白酶的ph值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性时亦有作用，等电点（pi）为8.75；木瓜蛋白酶温度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐热性强，在90℃时也不会失活；受氧化剂抑制，还原性物质激活。催化机制木瓜蛋白酶的剪切肽键的机制包括：在his-159作用下cys-25去质子化，而asn-158能够帮助his-159的咪唑环的摆放，使得去质子化可以发生；然后cys-25亲核攻击肽主链上的羰基碳，并与之共价连接形成酰基－酶中间体；接着酶与一个水分子作用，发生去酰基化，并释放肽链的羰基末端。酶活测定基本原理木瓜蛋白酶能使n-苯甲酰-l-精氨酸乙酯（底物）水解而释出n-苯甲酰-l-精氨酸，其释出量可用氢氧化/钠液滴定，以此确定酶活力。酶活单位在25℃下，每分钟内能催化分解1umol底物的酶量，称为1单位。试液制备1、底物溶液：准确称取n-苯甲酰-l-精氨酸乙酯盐酸盐1.42g，加10mmol/ledta、50mmol/l半胱氨酸液2.6ml，加适量水，用0.1mol/l氢氧化/钠液调节ph至6.2，最后定容至50.0ml。2、待测酶液：取试样用水稀释至适当浓度，并调节至ph6.2。测定方法25℃恒温条件下，取25ml烧杯装在ph自动滴定仪上，加底物溶液3.75ml、3mol/l氯化钠溶液2.50ml、重蒸馏水1.25ml，混合后加入待测酶液后立即计时，用0.1mol/l氢氧化/钠在电磁搅拌下连续滴定以保持ph6.2，记下每分钟所耗0.01mol/l氢氧化/钠毫升数。同时进行空白校正。按下式计算木瓜蛋白酶的活力p（单位/mg）：p =c·δv·1000/w式中：c：氢氧化/钠液的浓度，mol/l；δv：每分钟消耗氢氧化/钠液的体积减去空白值；w：反应液中木瓜蛋白酶的质量，mg。