公司设立协议与公司章程的区别有：一是公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件；二是公司设立协议与公司章程的效力范围不同，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力，公司设立协议仅对签订协议的发起人有约束力。公司设立协议与公司章程的区别有哪些的法律依据
《中华人民共和国公司法》第七十九条
股份有限公司发起人承担公司筹办事务。发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。
第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
第二十条
公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。