社保和农村合作医疗的区别有：
1.针对的人群不同：城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。而新农合针对的人群是农村户口的人群。
2.系统管理不同：新农合是卫生局的业务，而城镇医保属于社保系统管。
3.筹资水平不同，报销比例也有区别。城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上，城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。
4.报销上的差别：新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。
二、农村医疗保险和社保冲突吗
社保医保和农村合作医疗保险冲突。新农合和社保不能并存，是可以相互转化的。新农合只跟城镇居民医保、职工医保有冲突，国家规定不得重复参加。上述保险跟商业保险没有冲突，前三者都是国家的惠民政策，商业保险是以盈利为目的，国家没有相应的扶持资金，所以对公民来说可随便参加。
三、农村合作医疗医保卡在哪里办
新农合领取地点有：
1.银行领取。如果居民是在银行办卡的，需要到制卡银行指定网点领取医保卡。
2.社保中心领取。在社保中心办理的医保卡，一般可以当场办理完成并领卡。
3.社保服务网点领卡。在社保服务网点办理的医保卡，一般要3个工作日才能办好，办理完成后，居民到办卡网点领卡。