之后发现一篇blog也提到这个问题：ssis 系列 - 变量查询语句引起列输出顺序不一致的解决方法
可以用下面的办法：
解决的方法虽然也需要人工手动操作，但是比起在文件管理器中删除新建要容易的多，回到数据源的列，先取消全部可用的列。
然后对照查询语句列的顺序，依次选中需要的列，，比如第一个先勾选 businessentityid，第二个再勾选 nationalidnumber，后面根据需要按顺序依次勾选。
按顺序选择完成之后，这样所有的列又按照查询顺序输出了。
需要重新建立新的文件链接管理器，这样可以避免之前的缓存影响，再来看管理器中的列顺序也是对应一致的，没有问题了。
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