什么情况下会选择标签抗体用于免疫沉淀呢？
当某些目标蛋白没有对应的特异性抗体（eg.抗体所识别的抗原表位被相互作用蛋白所遮蔽，无法与目的蛋白相互作用或抗体选择不合适，所选抗体不能识别处于天然构象的蛋白）而无法进行免疫沉淀时，可以采用一个表位标记蛋白后，再选择针对此表位的标签抗体来进行免疫沉淀。
什么样的标签适合用于免疫沉淀呢？
flag（ddddk）标签是一个与重组蛋白相融合的由8个亲水氨基酸（dykddddk）组成的多肽片断。flag标签只有8个氨基酸组成，因此它不会占据其他表位与结合域，避免导致融合蛋白的功能、分泌性以及转运发生改变。由于它的亲水性特点，flag标签倾向于定位在融合蛋白表面，因此更易与抗体结合以及被肠激酶酶解。
flag标签系统是已被*的用于表达、纯化以及检测融合蛋白的表达系统，广泛应用于western blotting、免疫细胞组化、免疫共沉淀、流式细胞术、蛋白纯化以及蛋白相互作用、蛋白分离等多个研究领域。
为什么推荐使用flag标签抗体偶联的琼脂糖/磁珠？
与使用protein a/g琼脂糖的传统免疫沉淀（ip）方法相比，abmart的琼脂糖/磁珠偶联标签抗体，省去了protein a/g与抗原-抗体复合物结合的步骤。偶联抗体直接和目标蛋白结合后，通过离心或使用磁力架，将目标蛋白从细胞裂解液中分离出来。不仅让实验变得简单快捷，更可以避免非特异性结合，降低背景。表位标记蛋白的免疫沉淀可用于确定蛋白的细胞定位、研究翻译后修饰或检测标记蛋白与其它蛋白之间的相互作用。
§看到这里，您肯定会问，protein a/g的缺点是什么？
1. 耗时：使用protein a/g需要额外的孵育与洗涤操作
1. 效果差：当抗体种属、亚型和proteina/g不匹配时，proteina/g和抗体结合能力弱
2. 背景高：和样本中的其他免疫球蛋白结合，产生非特异性结合，导致高背景
与使用protein a/g琼脂糖的传统免疫沉淀（ip）方法相比，abmart的琼脂糖/磁珠偶联标签抗体，省去了protein a/g与抗原-抗体复合物结合的步骤。偶联抗体直接和目标蛋白结合后，通过离心或使用磁力架，将目标蛋白从细胞裂解液中分离出来。不仅让实验变得简单快捷，更可以避免非特异性结合，降低背景。表位标记蛋白的免疫沉淀可用于确定蛋白的细胞定位、研究翻译后修饰或检测标记蛋白与其它蛋白之间的相互作用。
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