建设工程施工合同属于特殊的承揽合同，其纠纷案件的管辖，应当适用《民事诉讼法》第24条的规定，即：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖”。同时，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第24条对合同履行地做了进一步的明确，即：“建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地”。
由于建设工程施工合同纠纷案件不适用专属管辖，合同的当事人除在纠纷发生后依据《民事诉讼法》第24条的规定向被告住所地或者合同履行地人民法院提起诉讼外，还可以事先在合同中约定管辖，即按照《民事诉讼法》第25条的规定：合同的双方当事人应当在合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖。同时，合同的双方当事人还可以依据合同中约定的仲裁条款或者事后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。