农村宅基地房屋动迁补偿纠纷的处理如下：1、协商，因农村宅基地房屋动迁补偿发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；2、调解，通过村委会调解解决纠纷；3、仲裁，当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁；4、诉讼，根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。农村宅基地房屋动迁补偿纠纷如何处理的法律依据
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。