1.登记在工商管理部门的股东是接受委托的代持股人，它并不是真正的出资人。但是，股东资格的确认依据是股权证和工商登记，如果此时上述文件记载的都是代持股人。当代持股人出现其他不能偿还的债务时，法院和其他有权机关是可以依法查封上述股权，并将上述股权用于偿还代持股人的债务的。此时，真正的出资人只有依据代持股协议向代持股人主张赔偿责任。
2.当代持股人出现特别的意外情况离世，代持股人名下的上述股权，就会成为继承人争夺继承财产的标的。委托人不得不卷入这场遗产继承的纠纷案件中来，付出很大的艰辛才能完好地拿回自己的财产权。
3.有的真实出资人并不参加公司的经营和管理，在这种情况下，出资人的股东权利包括经营管理权、表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等等一系列的权利实际上都是由代持股人行使。显然，道德风险巨大。代持股人的转让股份的行为、质押股份的行为，真实出资人都很难控制。因此，即便公司发展前景很好，利益非常巨大，对自己不能实际控制的出资权利，还是不要参与。
4.对那些故意规避国家法律而产生的代持股行为，一旦有人以此为依据请求确认违法和无效，将会对公司经营产生巨大的风险。
二、股份代持协议是否合法
股份代持协议是合法的。
根据相关法律规定，有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益；以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无法定的合同无效情形，人民法院应当认定该合同有效。
三、股份代持协议纠纷的诉讼时效是多久
3年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。