建设工程监理合同备案的办理流程如下：1、由监理单位向建设行政主管部门申请备案；2、提交监理合同、备案申请表、申请人身份证明等材料；3、建设行政主管部门审查后，符合备案要求的，在监理合同上标注明确的标识。建设工程监理合同备案的办理流程的法律依据
《建设工程监理合同备案管理办法（试行）》第八条建设单位与工程监理企业自签订《合同》10日内，应当填写《建设工程监理合同备案登记表》一式三份，与《合同》以及向指定的银行账户缴费的凭证一起报具有该工程管理权限的建设行政主管部门进行备案。第十条符合备案要求的，建设行政主管部门应当在合同的封面上标注明确的标识。备案后的《合同》及《建设工程监理合同备案登记表》，建设单位、工程监理企业、建设行政主管部门应当各留存一份。