若双方当事人对于适用的仲裁机构约定不明的，处理方式为：1、仲裁机构约定不明，但是能够确定具体仲裁机构的，则向确定的冲裁机构申请冲裁；2、无法确定具体的仲裁机构、仲裁委员会或者是仲裁地的，当事人之间有无无法进行补充约定的，应当向人民法院进行起诉，由人民法院进行裁决。仲裁机构约定不明的处理的法律依据
《仲裁法》第六条仲裁委员会应当由当事人协议选定。仲裁不实行级别管辖和地域管辖。第九条仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。