次氯酸钠发生器设备和二氧化氯发生器的工作原理不同，次氯酸钠发生器是电解盐的一种物理化学反应(理化反应)，电解电极阳极采用铱钌涂层的钛合金材料，阴极采用钛合金，通过高频直流电源电解，在阳极生成氢氧化钠和氯器，氢气化钠和氯器+水二次反应生成次氯酸钠，氢气排出，次氯酸钠溶液流到储药箱，这一过程不单单是电解过程，还融合了化学的反应。二氧化氯是盐酸和氯酸钠在一定温度下反应生成的二氧化氯，是一种化学反应。简单来说原材料不同，次氯酸钠发器只需要盐，而二氧化氯发生器是要采用盐酸和氯酸钠(都是危险品，不易管理)。
次氯酸钠发生器设备和二氧化氯发生器同等杀菌效果的设备，次氯酸钠的制造成本远远高于二氧化氯发生器。次氯酸钠发生器对电解电源、电极组有很高的要求。采用劣质的不锈钢电极和纯钛电极，使用寿命短、且效率低，既费电又浪费盐。二氧化氯的组成和要求相比简单。主要是由计量泵、反应槽、加热系统完成，且对反应槽要求也不是特别高。
二氧化氯发生器它的投药方式也十分的方便，可以直观显示并方便调节各点加药量，一台发生器也可以向多个投药点同时定量加药，对于需要同时进行源水予氧化和滤后消毒及出厂水补氯的水厂，这种配置的适用性是很强的。二氧化氯发生器的进水管路可用铁管或塑料管，出药管路须用聚氯乙烯或abs塑料管，以免药物对金属管道的腐蚀造成设备损失。