计算建筑合同违约赔偿金的方式是：一般按照承包单位和发包单位在建筑合同中约定的违约金额和计算方式来计算，如果一方认为违约金额过高或过低的，可以向法院请求相应的增加或减少违约金的数额。建筑合同违约赔偿金怎样计算的法律依据
《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。