1.污染物处理效率普遍不高
医院污水的主要水质特征之一为来源及成分复杂，污水中含有大量的病原微生物和化学药剂，具有空间污染、急性传染和潜伏性传染的特征。 常规医院污水处理设施在处理过程中，受到技术工艺的制约，主要是活性污泥微生物种类和数量少，系统内物理、化学、生物化学反应过程不*，并且，一些病原微生物易随出水排放、扩散等，使得常规污水处理工艺对医院污水中，对于主要有机、无机污染物，以及病原微生物的处理效率不高。有医院污水需要处理的单位，也可以到污水宝项目服务平台咨询具备类似污水处理经验的企业。
2.对出水消毒效率不高
在医院污水处理过程中，严格控制病原微生物随出水排放，显得尤为重要。目前医院污水处理厂实际运行中存一些问题：现在常用的氯消毒方法毒副作用很大，臭氧、二氧化氯毒副作用较小的消毒剂又由于其高昂的费用，往往由于运行不正常而限制了有效的使用。
3.对空气的污染严重
由于医院污水水质特殊，常规好氧生物处理系统无封闭措施，曝气供氧过程产生的气泡扩散形成了大量的气溶胶分子。这些气溶胶大分子表面附着了一些病原微生物，向空气中扩散传播，这就为传染性疫病的传播打开了另一条通道。