医疗机构基本标准的制定部门是：卫生行政部门。根据相关法律规定，医疗机构执业必须达到的最低标准根据《医疗机构基本标准（试行）》确认，且为卫生行政部门核发《医疗机构执业许可证》的依据。医疗机构基本标准由什么制定的法律依据
《医疗机构基本标准（试行）》本标准为医疗机构执业必须达到的最低标准，是卫生行政部门核发《医疗机构执业许可证》的依据。少数地区执行本标准确有困难的，可由省、自治区、直辖市卫生行政部门根据实际情况调整某些指标，作为地方标准，报卫生部核准备案后施行。尚未列入本标准的医疗机构，可比照同类医疗机构基本标准执行。民族医医院基本标准由各省、自治区、直辖市卫生行政部门制定。