合同恶意串通的认定方式为：1、恶意串通首先需要有双方损害第三人的恶意，恶意是相对于善意而言的，即明知或应知某种行为会造成国家、集体或第三人的损害，而故意为之。2、需要恶意串通的双方事先存在着通谋，即当事人具有共同的目的，互相配合或共同实施该非法行为。合同恶意串通的认定的法律依据
《民法典》第一百五十四条
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
第一百六十四条
代理人不履行或者不完全履行职责，造成被代理人损害的，应当承担民事责任。
代理人和相对人恶意串通，损害被代理人合法权益的，代理人和相对人应当承担连带责任。