运输合同印花税双方都要缴纳。印花税是一种行为税，这种行为不是单方面的，凡发生书立、使用、领受具有法律效力的凭证的单位和个人都需要征收。运输合同的委托方和受托方是合同共同当事方，因此都要交纳印花税。运输合同印花税双方都要交吗的法律依据
《中华人民共和国印花税暂行条例》第二条下列凭证为应纳税凭证：（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；（二）产权转移书据；（三）营业账簿；（四）权利、许可证照；（五）经财政部确定征税的其他凭证。第八条同一凭证，由两方或者两方以上当事人签订并各执一份的，应当由各方就所执的一份各自全额贴花。