1、《普罗米修斯2》中的事件设置在2012年《普罗米修斯》和1979年的原版《异形》时间线之间，影片开始时是2104年12月。一艘殖民飞船正向银河深处的遥远星球飞去。合成生化人walter是唯一一位飞船上醒着掌舵的人，突然有个能量弹把他们撞出了轨，在紧急情况之下，船员们纷纷从深度休眠中被唤醒。船长瞬间被杀死，留下来管事。
2、活下来的船员还有branson的妻子，土地形成方面的专家daniels；oram的妻子karine，卫生员faris，以及她的飞行员丈夫tennessee，安保队长lope，和他的丈夫hallett。“契约”号飞船上还有2000名乘客在继续休眠，醒着的这一小分队船员试图让飞船稳定下来，回到深睡状态，不过一则奇怪的无线电把他们引到了一个居住条件与地球相似的星球上去。
3、oram决定放弃在原有星球上的殖民计划，选择新的这个星球。“契约”号上几位负责勘探的船员渐渐生了病，还被袭击了。这组人被walter的初级版本david救了下来，当然他就是《普罗米修斯》中weyland公司的那同一位生化人。他的出现却引发了更多问题。