销售商品、销售劳务时，向客户开出增值税专用发票，上面有价格和税金两个部分，按其合计数收款，上面的税金就是“销项税金”。
月末，用销项税金减进项税金，其差额就是应纳增值税。如果差值小于0，则不缴税，剩下的进项税金下个月继续抵扣用。例如，运输公司经营第1个月，购入材料、配件等，共支付11.7万元，其中价格10万元，税金1.7万元，取得了增值税专用发票。当月产生运输收入共计44.4万元，其中价格40万元，税金4.4万元。那么，当月应缴增值税=4.4万-1.7万=2.7万（元）。
经营第2个月，公司购进了2辆卡车，共支付70.2万元，其中价格60万元，税金10.2万元。当月运输收入依然是共计44.4万元，其中价格40万元，税金4.4万元。那么，当月应缴增值税=4.4万-10.2万＜0，所以不纳税，在10.2万元的进项税金被抵扣完毕前，都不纳税。
所以，对待增值税，关键就是对待增值税专用发票以及增值税专用发票上的税金，只有增值税专用发票上注明的税金才能在计算增值税时用于抵扣。
这里说的增值税专用发票是一个广义的概念，包括增值税专用发票、运输业专用发票、机动车销售统一发票、农产品收购发票、海关进口专用缴款书、扣缴增值税时税收缴款凭证，因为它们都是可以抵扣的。
有一家茶叶公司被查处，原因非常简单，这家公司账面的包装盒用量太大，远远超过应有的水平，并且有账无货，涉嫌偷税和虚开增值税专用发票。后来我问会计：“为什么搞得这么假？想偷税想疯了？”会计和老板无辜地说，他们的原料都是农产品，没办法拿到增值税专用发票，不能抵扣进项，所以税负太高，根本不可能生存。进项多的只有包装盒，于是不得不在包装盒上打些主意，买了些增值税专用发票来抵扣。
可以说，这家公司根本没有起码的办税能力。我惊讶于“他们什么都不懂就敢开公司”。税法规定，公司如果向农民收购农产品原料，可以自己开“农产品收购凭证”，这个凭证有增值税专用发票的效果，可以用来抵扣进项税金，是专门用于向农户个人收购时使用的，农户不交增值税，但公司却可以凭空抵13%，多划算。
公司如果向二道贩子收购农产品原料，不能开收购凭证。二道贩子如果是一般纳税人，当然可以取得增值税专用发票；二道贩子如果是小规模纳税人，则可以开普通发票，照样可以抵，二道贩子按3%交税，公司却可以抵13%。也划算。公司明明有可以抵扣的凭证，却被生存所迫搞歪门邪道，反而落入风险之中，损失巨大，没有被移交公安已算走运了。
实务中，有不少税收违法行为，就是这种无知导致的。一般纳税人企业，一定要找个好会计，不能以为会计可有可无，或者让别人300元、500元一个月代账，或者找刚毕业的外甥女来干，这些行为在骨子里都是对税务风险和税收利益的漠视。把握增值税的核算要点，就是要把握住进项抵扣的重要原则——只认增值税专用发票。
结合企业所得税的扣除，就能够更好地把握增值税这一特点。企业所得税的扣除，重点关注的是业务本身的真实性、相关性和合理性，发票只是证据之一。
而增值税进项抵扣则完全以专用发票为准，有专用发票就可以“抵扣”，没有则一切免谈。因为增值税专用发票拥有的这种“抵扣”的作用，所以其管理和使用都非常严格。对开票方来说，增值税专用发票不能开错一个字，必须在纳税义务发生时开具，一旦开票就要纳税（这一点也是所有增值税发票的共性）。
对收票方来说，增值税专用发票必须在开出180天之内到税务机关“认证”，认证后必须马上体现在申报表上进行抵扣，发票的开票方必须是交易的收款方。未来如果要退货、折让、返利等，必须严格按开票系统的要求进行申请和红冲。只要以上开票要求出现错误，都将导致增值税专用发票不能抵扣税款和用于出口退税。
对于增值税专用发票，再提示三个细节：①一般纳税人（包括公司和个体户）可以开增值税专用发票；②小规模纳税人（包括公司和个体户）虽然自己不能开，但可以通过税务局代开增值税专用发票；③自然人无论如何开不出增值税专用发票。