东林书院是打着学术研究的名义创办的，然而自创办之初起，他就不是一个单纯的学术团体，是以教学研究为掩饰，操控政治为主的一个派系，他由顾宪成等一些下野官员发起，随后网罗了一大批在职官员，东林书院自此跟朝廷上的大小事务都有着千丝万缕的联系。
学院其实是整个派系的大本营，许多官场上的勾心斗角都从这里出去，而这一派系也被人称为---“东林党”。东林党在朝堂上拉派系、搞党争，导致许多非东林党的官员也各自拉帮结派，抱团取暖，以谋求生存之地，最后演变成各个派系之间的明争暗斗。正是东林党的出现和发展，才将大明一步一步的拖入到万劫不复的局面。
话说顾宪成等人成立东林书院的那一年，为了扩大东林书院的影响，顾宪成四处拉拢旧日的同事，而第一个要找的人，就是后来被称为东林党中流砥柱的李三才。李三才当时的官职是地方上的漕运总督，熟悉明清历史的人都应该知道，这可是一个肥差，手底下孝敬的人不少，所以李三才的腰包也一直都是鼓鼓的。
八月的一天，顾宪成专程来到了李三才做官所在地---淮安，这里经济发达，漕运自然也发达。顾宪成见到李三才后，双方先是简单的聊了一下，表现的都比较客气，李三才还稍显拘谨。一番寒暄客套之后，李三才邀顾宪成入席。入座后的顾宪成看到了席间的几个菜，大为惊讶，偌大的餐桌上只摆了三四个菜，还全都是素的。不过官场老司机顾宪成见惯大风大浪，随即恢复了惊讶的表情，继续谈笑风生。其实，这正是李三才的谨慎之处，因为对顾宪成不是十分熟悉，所以这个地方还是需要装一装，几个素菜正好能显示出自己的为官清廉。
然而，酒过三巡之后，双方谈的十分投机，两人对当今朝廷的许多政策都持有相同的意见，于是越谈越欢，最后引为知己，颇有一番相见恨晚的感觉。二人谈到深夜，最后李三才邀顾宪成留宿，后者欣然答应。
第二天，二人又继续交流着政见，气氛十分欢愉，转眼到了用膳的时间，李三才起身邀请顾宪成入席。这一次，席间的菜肴又出乎了顾宪成意料，只见满桌的山珍海味、鸡鸭鱼肉，因为经过一天的详谈后二人已成了知己，于是顾宪成就直接发问了：“李兄，今日缘何如此丰盛啊？”，“只因昨日厨房东西少，今日偶然的多了些东西，所以就全部拿来招待贵宾啦”李三才笑着回答道。
此后，李三才成了东林党的王牌，政治经验丰富，又喜欢玩弄权术，将拉帮结派的风气带到了整个朝野。可以说，明朝的覆灭，源自党争，而党争又源自东林党，而顾宪成和李三才又是东林党的头号人物。