对政府财政投入资金的建设项目，建设主体需要接受行政审计的监督。由于行政审计监督的介入，就可能出现双方按合同决算的工程价款与审计部门对工程作出的决算工程价款不一致的情况。此问题实际涉及两个法律关系，即建设方和施工方之间的建设工程施工合同关系，以及行政审计部门和建设方之间的行政监督管理关系。两个法律关系主体不一，内容不同。
建设方和施工方之间的建设工程施工合同关系属民事领域，应遵循当事人意思自治原则，所以工程价款可以由建设方和施工方按施工合同的约定来确定，此时合同价款的确定与审计机关的行政审计在法律上没有必然的联系。但是，如果合同双方在合同中明确约定以财政审计结论作为结算依据的，该审计结论即成为双方认可的合同条件，此时财政审计结论当然可以作为双方结算的依据。
如果施工合同中的结算依据约定不明确，而行政审计部门已出具审计结论，这份审计结论能否作为结算依据呢？如上所述，施工合同法律关系和行政管理法律关系两者法律关系不同，约束对象不同，行政审计部门的审计结论并不能约束施工方，所以在施工方不认可的情况下审计结论仍不能作为最终的结算依据。
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