虽然在日常报税中不受影响，但根据《国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）第四条的规定，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
因此，无论企业经营期间采取的是何种征收方式，清算期间均应按上述文件规定计算清算所得计征企业所得税。企业少计的成本费用都会导致利润和未分配利润虚增，不仅增加了清算所得，还会导致清算个人所得税的增加。