晒干以后的干莲子在保存时可以直接放到能密封的保鲜袋或者保鲜盒，在莲子放入以后，要把这些容器全部密封好，防止外界空气流入，这样就能让干莲子保存较长时间，而且在保存过程中不容易出现变质和变色。
2、阴凉干燥处保存
干莲子还可以放在阴凉干燥的环境中保存，莲子在保存过程中，如果接受阳光照射或者湿气过重，温度过高，都会导致莲子中间的莲子心出现变质，进而导致整个帘子发生腐烂，所以把它保存在阴凉通风干燥的环境中就能防止莲子芯变质，也能延长干莲子的保质期。
3、冷藏保存
干莲子可以冷藏保存，如果家中干莲子的数量不太多，而且随时使用，可以把干莲子放在密封的保鲜盒中，直接放入冰箱的冷藏室，每次使用时从里面取出适量，而以后再把保鲜盒密封后，随手放入到冰箱的冷藏室中，这样就能让干莲子保持较长时间不变质。