但是受多种因素的影响，现阶段我国有限责任公司在股权转让中存在很多不足之处，这些不足制约了股权转让效果。因此，在进行股权转让之前，需要相关人员结合有关规定对转让前后的各项规定和部门组织进行协调，采取措施解决股权转让纠纷问题。
一、有限责任公司股权转让存在的纠纷法律问题
( 一) 股权变动的时间问题
结合《公司法》的各项规定，股权变动时间于公司内部来讲正是公司股东名册变更之时，对于公司外部关系来讲是公司登记机关的股权变更之时。受多种因素的影响，在股权变动实践中有时候会出现公司工商档案中股东登记和股东名册记载情况不一致的现象，关于到底以怎样的名义为股权变动时间标准在法律中没有明确的规定，在具体司法实践中各地的做法也不同。
( 二) 股权转让的价格确定问题
股权转让价格确定方法通常有以下几种: 第一，以股东出资时的股权价格为股权转让价格。
第二，以公司的净资产作为股权转让价格、第三，以审计、评估价格作为股权转让价格、第四，以拍卖、变卖价格作为股权转让价格。这些股权转让价格确定方法有各自的优缺点，但是公司的经营活动受市场和经营者决策的深刻影响。
股转纠纷因而公司的资产始终处于一种动态变化，股东出资和股权实际价格之间存在很大的差异，如果对股东股权在不做讨论的情况下就出资转让，在某种程度上混淆了出资和股权的内涵，转让的股权无法体现公司资金流转和公司实际经营情况。加上拍卖的时间紧张，没有对受让方和转让方拥有足够的时间沟通交流。
( 三) 有限责任公司股权转让中的特殊问题
第一，股权继承。股权继承一般是在有限责任公司负责人死亡之后进行。在我国现有的法律中没有对股权继承做出过多的约束，在股权继承当事人发生变动的时候会加重有限责任公司的发展风险。
第二，夫妻股份分割。有限责任公的夫妻股权分割具体包括以下几种情况: 一种是现有的公司股权分割制是否适用于夫妻财产分割。另外一种是现有婚姻法中涉及到的夫妻财产分割是空白的，因而当夫妻一方将股权再次转让的时候，公司的股东结构会变的难以控制。
第三，瑕疵股权转让。有限责任公司中的瑕疵股权转让问题是十分复杂的，出现的法律纠纷问题有出资数据不准确、股东无故撤资、股东无故逃资等。股权转让过程中的瑕疵问题缺乏必要的法律约束。
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